Hội đồng Trường

Hiệu trưởng và các Phó Hiệu trưởng

Các khoa, viện, trung tâm, bộ môn quản lý đào tạo

• Khoa Công nghệ thông tin
• Khoa Cơ bản
• Khoa Điện - Điện tử viễn thông
• Khoa Kinh tế vận tải
• Khoa Lý luận chính trị
• Viện Cơ khí
• Viện Hàng hải
• Viện Xây dựng
• Viện Ngôn ngữ và Khoa học xã hội
• Viện Nghiên cứu - đào tạo Đèo Cả

Các phòng, ban, trung tâm chức năng

• Phòng Khoa học và hợp tác quốc tế 
• Phòng Thanh tra và Quản lý chất lượng
• Phòng Tổ chức – Hành chính
• Trung tâm Thông tin - Thư viện
• Trung tâm Tư vấn - Tuyển sinh
• Phân hiệu Trường tại cơ sở Đồng Nai

Các tổ chức nghiên cứu và phát triển, đơn vị sự nghiệp, cơ sở sản xuất, kinh doanh, dịch vụ

• Tạp chí Khoa học công nghệ và giao thông vận tải
• Trung tâm Nhân lực và huấn luyện hàng hải
• Trung tâm Ngôn ngữ, CNTT và đào tạo nghiệp vụ
• Trung tâm Dịch vụ và Hỗ trợ sinh viên
• Trung tâm Logistics 
• Trung tâm Đào tạo thường xuyên
• Viện Đào tạo Chất lượng cao
• Viện Đào tạo & Hợp tác quốc tế
• Phòng thí nghiệm LAS-XD313
   
• Tổ chức chính trị - xã hội